Kolumbien ist das viertgrößte Land Südamerikas mit einer Gesamtfläche von 1.140.000 km^2. Also doppelt so groß wie Frankreich und dreimal größer als Deutschland. Das Land liegt im Nordwesten Südamerikas zwischen 13° nördlicher und 4° südlicher Breite. Das Land grenzt sowohl an den atlantischen (1.626 km Küstenlinie), als auch an den pazifischen Ozean (1.448 km). Im Südwesten grenzt Kolumbien an die Nachbarstaaten Ecuador (590 km Grenzlinie) und Peru (1.626 km), im Südosten an Brasilien (1.645 km), im Nordosten an Venezuela (2.050 km) und im Nordwesten an das seit 1903 von Kolumbien abgetrennte Panama (225 km). Die Gesamtlänge der kolumbianischen Landesgrenze beträgt 6.136 Kilometer.

Kolumbien lässt sich in sechs Großräume untergliedern. Das sind zum einem in der westlichen Hälfte des Landes, die drei großen Bergketten der Anden, die Kordilleren. Das ist die westliche, die zentrale und die östliche Kordillere.

Zwischen den Bergketten fließen die großen, teilweise befahrbaren Flüsse Rio Cauca und Rio Magdalena ins karibische Meer. Der Westen Kolumbiens entwässert über den Atrato in die Karibik, sowie über die Flüsse San Juan und Baudó in den Pazifik.

 Kolumbiens Hochgebirge bestehen zum Teil aus aktiven Vulkane. Dem Galeras, Nevado del Huila (5.750 m), Nevado del Ruiz (5.400 m), Puracé, Nevado del Tolima (5.215 m) und Nevado de Santa Isabel (4.965 m). Das höchste Küstengebirge der Erde und zugleich die höchste Erhebung Kolumbiens erhebt sich im Norden Kolumbiens, an der Karibikküste. Die Sierra Nevada de Santa Marta. Die höchsten Gipfel des isolierten pyramidenförmigen Gebirgsmassivs sind der Pico Cristóbal Colón sowie der Pico Simón Bolívar. Beide jeweils 5.775 m hoch In der gesamten Region der Anden kommt es immer wieder zu Erdbeben und manchmal sogar Vulkanausbrüchen, da hier die Südamerikanische mit der Nasca-Platte aufeinandertrifft.

Das karibische Küstentiefland Kolumbiens zeichnet sich durch weitgehend ebene Flächen und eine, abgesehen vom Küstenstreifen, relativ dünne Besiedelung aus. Die Verkehrserschließung der weiten Teile des Tieflandes erschwert sich durch die großflächigen Sumpfgebiete.

Das pazifische Küstentiefland ist, von wenigen Hafenstädten abgesehen, weitgehend unbesiedelt, was insbesondere auf seine immer feucht-heißen Klimabedingungen zurückzuführen ist. Pro Jahr können bis zu 10.000 mm Niederschlag fallen. Die Region ist weitgehend mit schwer zu erschließendem tropischen Regenwald bedeckt und von einer vielfältigen Flora und Fauna geprägt. Als einzige Verkehrswege dienen praktisch die natürlichen Wasserstraßen, vor allem der Atrato, der in Richtung Karibik fliest.

Orinokien umfasst den Raum mit der Richtung Orinoco entwässernden Flüssen und ist auch unter dem Namen “Llanos Orientales” bekannt. Das Gebiet ist größtenteils eben und weist als einziges Gebirge die Serranía de la Macarena auf, die zwar naturräumlich dem andinen Raum zugerechnet werden kann, jedoch wesentlich älter als die Andenkordilleren ist, was durch ihre nordwest-südöstliche Orientierung dokumentiert wird. Die Llanos Orientales sind von einer Feuchtsavanne bedeckt, wobei die heftigen Niederschläge der Regenzeit die wenigen Straßen der Region oft unpassierbar machen. Vom Ostfuß der Anden abgesehen, ist das kolumbianische Orinokien weitgehend unbesiedelt.

Der kolumbianische Teil Amazoniens umfasst das südöstlichen Viertel Kolumbiens und ist fast vollständig von dichtem Regenwald bedeckt. Das kolumbianische Amazonien zeichnet sich durch eine extrem hohe Biodiversität aus und ist nur vereinzelt mit indigenen Bevölkerungsgruppen besiedelt.

Zu Kolumbien gehören mehrere vorgelagerte Inselgruppen. Dazu gehören die küstennahen Islas del Rosario oder Islas de San Bernando und die solitäre Isla Fuerte in der Karibik, sowie weiter vom Festland entfernt (etwa 770 km nordwestlich) im Atlantik der Archipel San Andrés und Providencia, bestehend aus mehreren Inseln, aber auch die Cayos de Albuquerque. Die teils unbewohnten Inseln Roncador, Quita Sueño, Serrana zählten bis in den 1980er Jahren zu den Außenbesitzungen der USA. Am 8. September 1972 wurde eine Vereinbarung über die Übergabe der Roncador Bank sowie zweier weiterer Korallenbänke an Kolumbien getroffen. Die Vereinbarung wurde jedoch erst 1981 durch den US-Senat ratifiziert, so dass am 17. September 1981 die Inseln unter kolumbianische Souveränität kamen.

Im Pazifik liegt das weit entfernte felsige Eiland Malpelo. die alte Gefängnisinsel Gorgona (westlich von Buenaventura) und Gorgonilla.